Textová podoba smlouvy Smlouva č. 14068340: Izolace a screening bakteriálních kmenů z finálních vybraných produktů

                        Příloha č. 2
Specifikace předmětu plnění dle etap

Etapa č. 1 
Termín plnění: do 31. 10. 2020

Izolace a screening bakteriálních kmenů z finálních vybraných produktů (Coconut keefir a Coconut yoguard) dodaných žadatelem.
· Optimalizace kultivačních medií a vhodných selekčních medií (MRS, YGLPB, Mac-Conkey) pro jednotlivé bakteriální kmeny obsažené v produktech. 
· Kultivace směsné kultury na optimalizovaných pevných mediích za aerobních a anaerobních podmínek.  
· Screening jednotlivých bakteriálních izolátů na selektivních mediích získaných ze směsné kultury výchozího produktu. 
· Morfologická charakterizace získaných izolátů (velikost, barva, okraje monokoloniových izolátů, mikroskopická analýza).  
· Batch kultivace jednotlivých monoizolátů na optimalizovaném tekutém mediu v aerobních, mikroaerobních a anaerobních podmínkách v třepaných baňkách a ve stacionární kultuře. 
· Příprava izolátů pro dlouhodobé uchovávání izolátu a ověření jejich životaschopnosti, tak aby izoláty byly použity pro taxonomické analýzy.


Etapa č. 2 
Termín plnění: do 21. 1. 2021

Molekulární identifikace bakteriálních kultur přítomných ve vybraných produktech Coconut keefir a Coconut yoguard. Porovnání mikrobiálního profilu a jeho stability u jednoho vybraného produktu dodaného žadatelem v záruční a pozáruční době. 
· Izolace chromozomální DNA z čistých monokoloniových izolátu získaných ze směsné populace bakteriálních kultur z vybraných produktů Coconut keefir a Coconut yoguard dodaných žadatelem
· PCR amplifikace bakteriálních 16S rRNA genů a purifikace PCR produktů 
· Sekvenace PCR produktů
· Editace a porovnání sekvencí s dostupnými sekvencemi ve veřejných databázích  
· Taxonomické zařazení jednotlivých izolátů vyskytujících se v produktech
· Extrakce celkové DNA ve vybraném produktu 
· PCR amplifikace bakteriálních 16S rRNA genů a ITS2 rDNA houbových sekvencí
· Sekvenace směsi amplikonů na Illumina Mi_Seq platformě
· Analýza dat s využitím programu SEED pipeline ver.2.1
· Taxonomické vyhodnocení složení společenstva mikroorganismů nacházející se ve vybraném produktu dodaném žadatelem